维吾尔族祖先进入西域后有经营农业的悠久传统，对于植棉和园艺尤其具有丰富经验。元朝 (1279～1368)以后，植棉技术由西域传入内地。由于有发达的园艺业，很多地区都出产大量的、品种繁多的瓜果。其中著名的有和田的核桃、水蜜桃，皮山的石榴，吐鲁番的无核葡萄和葡萄干，伊犁的苹果以及呼图壁的西瓜等。
维吾尔族的手工业有久远的历史传统和精湛的技艺。闻名世界的有和田的地毯和丝绸，莎车的巴克衫绸，喀什的绣花小帽。库车的“砍土曼”(一种铁制农具)，乌鲁木齐市的乌修尔镰刀等。尤其是和田至若羌一带出产的美玉。和田的地毯图案精美，色泽鲜明，作工精细，经久耐用。英吉沙和库车制作的小刀，刀柄和刀鞘镶嵌精美。
中华人民共和国建立后，1952年夏季，在新疆地区的农村完成了“减租反恶霸”运动；1953年底完成了“土地改革”。从1953年起先后建立9个民族乡、7个民族区、6个自治县和5个自治州，1957年，全区完成了“社会主义改造”。
1950—1988年新疆用于基本建设的投资累计330亿元。经过投资建设，初步形成了相对独立的国民经济体系。经济格局发生了变化。自然经济与计划经济正在向商品经济的市场经济转变；封闭型经济开始向外向型经济转变；单一的农牧经济结构正在向综合经济结构转变。1990年新疆维吾尔自治区工农业总产值达207．6亿元。很多等现代化工业在天山南北发展壮大。农、林、牧、副、渔、乡镇企业继续发展。商业流通、对外贸易出现了新的机遇。
然而由于新疆的工农业绝大部分集中于国有企业，包括新疆生产建设兵团手中，以及西气东输等资源开发计划不足给包括维吾尔族在内的新疆本地居民带来足够的工作岗位和经济补偿，新疆地区的民族间经济差距日益巨大，使得自治区的很多民族政策无法落实，同时东突恐怖组织的破坏也使得包括旅游业在内部分行业受到影响。农业方面，虽然国家采取管控价格收购棉花、粮食、水果和牧业产品以保障当地农民稳定收入，而维吾尔农村地区存在语言、文化和信息闭塞等诸多情况，生产方式的相对原始落后，农业方面收入较低。
