1643年皇太极去世，其子福临继位，是为顺治帝，由睿亲王多尔衮摄政，主持大局。1644年，李自成攻入北京，明思宗朱由检上吊自杀。不久，在明朝降将吴三桂的协助下，清军顺利进入山海关，击败李自成，定鼎北京。此后，历经顺康两代20年左右的时间，清朝陆续消灭了残存的南明抵抗势力，完成了对中原的征服。随着清朝势力向关内扩张，绝大多数的八旗官兵及眷属也“从龙入关”，随之定居北京[参 62]。这一系列举措曾一度使留守东北的八旗兵仅剩下1524人。直到康熙年间，清朝与沙皇俄国发生了边界冲突，这使得统治者重新重视东三省的防务。他们开始有计划的使部分旗人向故土回流。到了乾隆年间，东北驻防20余处，还有守护陵寝、围场、边门的旗兵总数已恢复至近5万人。不过，如雍正帝所言，“驻防之地不过出差之所，京师乃其乡土。” 北京始终是清代满族的“大本营”。此外，还有一部分八旗官兵于关内各处和其他边疆要隘驻防，如江宁、京口、杭州、乍浦、福州、广州、荆州、成都、西安、开封、德州、青州、太原、宁夏、绥远、右卫、凉州等地。使得满族在一定程度上改变了原本的分布局面，并在全国范围内形成了大分散，小聚居的特点。
在与南明等抵抗势力作战的过程之中，清朝统治者推行了薙发、易服、圈地、占房、投充、逋逃等弊政，造成汉人反抗不断。连年的战乱导致人口减少、社会发展受到了阻碍和破坏。鉴于此，康熙帝亲政后逐渐取消了这一系列弊政。此时政局日渐稳定，旗汉之间的紧张关系也得到了一定程度的缓解。不过，清廷始终以八旗为国家根本，实行差别待遇。旗人在教育、科考、任职、律法等政治、经济领域均享有一定特权，并与汉人隔离居住。在此基础上清朝统治者还进一步推出了“首崇满洲”的国策，以强化满洲作为统治族群的地位。
诸多优待政策的初衷主要是为了保证兵源、加强八旗的军事职能。同时，这也导致满族受到束缚，居所不能远离本佐领之所在；八旗兵役也使得许多人在各大战争中战死疆场，一定程度上阻碍了满族人口的发展；经济方面，满族也过于依赖八旗制度，清廷除兵差外，仅允许旗人在所属旗地务农，这使得以京旗为主、已经适应城居生活的满族在清朝中期开始出现生计问题。几代皇帝都尝试解决八旗生计问题，但终因不肯放任旗人自行谋生而均告失败。此外，东北满族因保持八旗兵农合一的习俗，始终没有产生严重的生计问题。自乾隆末年，清朝开始走向衰落，并且在之后一系列与外国侵略者的战争中接连失败，陷入内忧外困。这期间，在与汉人的交流中，满族逐渐接受汉文化，被视为立国根本的国语骑射遭到废弛。清末民初时，仅有黑龙江齐齐哈尔和瑷珲一带还有满语使用者。
1907年，清廷即将实施预备立宪，以期维持统治。期间，正式宣布废除旗汉界限，取消旗人诸多特权与束缚，与汉人一体对待，但为时已晚。1911年，辛亥革命爆发，清廷接受优待条件，宣统帝退位，清朝的统治至此终结，中华民国建立。由于民族宿怨的累积，在革命党人起事的过程中，西安、荆州、江宁和福州等地都发生了针对八旗军民的屠杀事件。但也有一些地方采取了和平解决的办法，在四川，成都将军玉昆和一些满族士绅同当地的汉族士绅关系融洽，许多满族士绅甚至同情革命。在满汉双方的努力协调下，成都驻防旗军与四川大汉军政府达成了和平易帜的协议，满族获“优予保护”，“始终未妄杀一人”。广州和镇江也大致和平解决。在满汉民族交流融洽的东北地区，旗人出身的革命党人张榕、宝昆等还提出了“以建设满汉联合共和政体为目的”，提倡联合满族共同起事。
