1279年，已改国号为
元的蒙古大汗
忽必烈完成了对中国的征服。元朝统治者将其所属臣民依次划分为
蒙古、
色目、
汉人、
南人四等。当时，留居中原的女真人因民族特点的消失而被统治者归入汉人行列；而生长东北、不通汉语的女真人则被视同蒙古人。他们被编为诸多女真万户，由朝廷设置的
辽阳行省管辖，并开始广泛受蒙古语言文化影响。
至元朝末期，各地农民起义不断，辽东地区也陷入了一个不稳定的局面。由于元朝同
高丽的特殊关系，当时有人口众多的高丽人定居辽东。随着元末朝廷统治权威的衰落，高丽还曾一度控制辽东。在这种情况下，许多女真万户选择内附高丽，如
努尔哈赤之先世、斡朵里万户
猛哥帖木儿曾追随高丽大将、也就是后来的
朝鲜太祖李成桂。李成桂代高丽自立后授猛哥帖木儿为万户，
朝鲜太宗李芳远时期，又授上将军之职。除了高丽之外，当时辽东地区还有
木华黎九世孙、元朝辽阳行省左丞相
纳哈出拥兵数十万于海西。
1368年，
明太祖朱元璋称帝，建立
明朝。同年，攻占
元大都，
元顺帝北逃，蒙古人在中原的统治终结。
