乌孜别克族的记载最早出自《元史》（1369年），当时名月祖伯。在阿布海儿汗时代，建立乌孜别克汗国。后来术赤系的克烈汗和贾尼别克与阿布海尔汗闹翻而逃亡蒙兀儿斯坦，另建哈萨克汗国，而今天的乌兹别克斯坦却是帖木儿帝国的领土。乌孜别克汗国解体后一部分人随穆罕默德·昔班尼南下，前往河中农业区定居下来，征服了当地的撒尔塔人并与他们融合，形成了今天的乌孜别克人。16世纪至17世纪，他们（被称为布哈拉人、浩罕人或安集延人）来到南疆塔里木盆地，主要从事商业活动。“乌孜别克”的意思是“自己的领袖”(也可解作乌古斯人的主人)。到清宣宗时代，满人承认已与卡内回民（维吾尔人）无异。
乌孜别克族源是粟特人和突厥。乌孜别克人有七十二部落，在锡尔河以北的哈萨克南部城市，他们占人口的多数，在塔吉克占人口中的1/4，在吉尔吉斯有13.8%人口，是中亚最大的民族，也是全世界第二大突厥语民族。白帐汗国未分裂时，钦察草原有92个部落，后来有70个部落到了哈萨克汗国，有些部落如克烈、乃蛮、弘吉剌，两国都有。希瓦汗国的乌孜别克人分四部：基雅特(乞颜)-弘吉剌，畏兀儿-乃蛮，抗格雷-钦察，努库兹-曼吉特。河中公元时代已有说突厥语的人(匈人)，乌孜别克人其实是由粟特与公元前后进入中亚的突厥语民族构成，黑汗王朝与葛逻禄特别重要，随昔班尼南下的钦察草原乌孜别克部落是最后构成阶段。
16世纪中叶的乌孜别克人还没有完全定居(曾在撒马尔罕圈地为牧场)，与哈萨克人一样吃肉喝奶(不种田地也不吃面包)，16世纪末定居化加快，17世纪河中只有他们与塔吉克人。1867年，中亚人阿古柏建立的“哲德沙尔汗国”改称“洪福汗国”，攻占库车、库尔勒，占领天山以南的南疆。 随着阿古柏的扩张，大批乌孜别克族人进入新疆，成为今天新疆一个重要的少数民族之一。有些乌孜别克人是在明代前住费尔干纳盆地与河中的维吾尔人后人，有些是受阿古柏裹挟至浩罕汗国。不同地方的乌孜别克来源不同，一些乌孜别克人是二十世纪被同化的塔吉克。阿富汗乌孜别克来自钦察人。
在二十世纪前，他们不认为自己是一民族，并且只认为的语言只是一种方言。他们与维吾尔也是二十年代才有自己族名。
