明朝对伊斯兰教政策宽容，但是使用强迫通婚的方式使少数民族逐渐被融合。明朝允许穆斯林信奉伊斯兰教，而按照通婚的法律，回族不得不与改信伊斯兰教的来自其他民族的成员通婚。
明朝政府、军队中有许多穆斯林，是由于明朝皇帝对待穆斯林的相对自由。在苗族起义中，明朝政府还使用了回族部队镇压苗和其他原住民族反政府武装，并且还有回族部队定居在湖南常德，其后裔仍然生活在那里。[4] 穆斯林在明代有相对的自由，在宗教信仰和传统习俗方面没有受到歧视，而逐渐融入当地的社会。
明代皇帝曾在中国许多地方下旨修建清真寺。西安的化觉寺和南京的净觉寺就由明太祖敕建。
