民间相传，水族最初由三大支系组成，即"睢闽"、"睢干"、"睢柳"。"睢闽"主要指现今居住在都匀市套头地区和独山翁台的水族；"睢柳"主要指现今居住在三都、荔波、独山、榕江等县的水族；"睢干"则专指现今居住在三都阳安、阳乐一带的水族。所谓"睢闽"、"睢柳"、"睢干"，原意是指来自"闽"地方的水族人，来自"柳"地方的水族人和来自"干"地方的水族人，这可能代表民族迁徙时，组成水族的这三大支系来自不同的地方或部落。但由于语言、风俗以及生计方式等均相近或相似，经过民族大迁徙，同居一地后在相互交往上获得了文化的认同感，相处日久便形成了统一的民族。
实际上，由于水族的起源和迁徙没有确切的文献记载，长期以来，学术界一直争论不休，目前比较一致的看法是：水族是由古代南方"百越"族群中"骆越"的一支发展演变而形成的单一民族。秦汉以前，岭南一带居住着"骆越"、"西瓯越"、"南越"等许多部落，它们与东南沿海和西南地区的其他诸越部落，统称为"百越"。"百越"不但孕育了中国的稻作文化，同时也演化为南方许多民族的共同祖先。水族民间传说，他们的祖先原先居住在邕江流域的"岜虽山"一带，而邕江流域正是古代"骆越"活动的地区。据史料记载，公元前221年，秦始皇统一六国后，发兵50万进军岭南，遭到当时西瓯、骆越等部落的顽强抵抗，直到公元前214年才统一岭南，并置南海、桂林、象三郡，设官治理。受战乱的影响，水族先民被迫沿龙江逆流而上，经今广西河池、南丹等地向北迁徙，移居黔桂边境，从此开始从骆越的母体中分离出来，逐渐向单一民族发展。
汉至魏晋，虽然中原战乱频繁，但水族先民所居的黔桂边境，社会秩序却相对稳定，使其得到持续发展。隋唐之际，水族地区的社会经济取得了长足的进步。据史料记载，当时水族聚居的东谢地区，人口殷实，"地方千里，土气郁热，多霖雨，稻粟再熟"，由于产量的增长，人们的存粮有了较多的结余，能够用来酿酒以供节日及喜庆之用。《旧唐书·南蛮西南蛮传》载，当时东谢蛮地区，婚姻之礼"以牛酒为聘"，"杀人者出牛马三十，及得赎死"。这些记载都说明了水族先民自秦代迁人黔桂边境以来，经过长期的发展，在共同地域、共同语言、共同经济生活的前提下，人们在社会交往中获得了文化的认同感和归属感，从而形成了统一的民族文化特质，于是，水族作为单一的民族正式形成。
